醤油のルーツは中国の「醤（ひしお）」にあるといわれています。紀元前８世紀頃の中国・周王朝時代の記録「周礼（しゅらい）」に醤の文字が記載されており、中国最古の農業書「斎民用術（せいみんようじゅつ）」には、黒大豆を使った醤のつくり方が記されています。

なお、食材を塩で漬けたものが醤であり、平安時代の日本の文献「延喜式（えんぎしき）」には、魚介類を漬けた「魚醤（うおびしお）」、野菜類を漬けた「草醤（くさびしお）」、穀類を漬けた「穀醤（こくびしお）」の記述が見られます。そして、この穀醤が現代の醤油の先祖ではないかと考えられています。

その後、鎌倉時代には中国からの修行僧が、「金山寺味噌」の製法を持ち帰って紀州（現在の和歌山県）に伝えました。その味噌づくりの桶に溜まった液体に、紀州の人たちが創意工夫を重ね生まれたものが、現在の醤油の原型といわれています。そのため、和歌山県の湯浅町は「日本の醤油醸造発祥の地」とされています。

本醸造の醤油は、大豆・小麦・塩・麹菌によってつくられます。蒸した大豆と炒った小麦に麹菌をつけて醤油麹をつくり、塩水を加えて樽に仕込み、諸味（もろみ）をつくります。それを寝かせて発酵・熟成させますが、樽の中では麹菌が生み出す酵素によって原料が分解され、空気中や樽にすむ乳酸菌が作用して有機酸をつくり、酵母が増殖してアルコール発酵を促します。なお、酵母のはたらきには酸素が必要なため、「櫂（かい）入れ」という攪拌（かくはん）を行います。こうしてできあがった諸味を搾って、火入れ（加熱）やろ過したら醤油の完成。火入れ工程では、醤油特有の香ばしい香気が生成されます。

※上記の本醸造方式のほかにも醸造過程でアミノ酸液を用い、短期醸造を可能にする「混合醸造方式」や「混合方式」といった製法もあります。

醤油の種類は日本農林規格（JAS規格）で、原料や製造方法によって、「濃口醤油・淡口醤油・溜醤油・再仕込み醤油・白醤油」の５種類に分類されています。また、旨みの指標といわれる“可溶性窒素成分”の含量や色などにより、「特級・上級・標準」の等級が定められ、特級のなかにはさらに「超特選・特選」というランク分けがされています。

大手メーカー３社があり、国内醤油出荷量の約35％を占める国内最大の産地が千葉県。他に、淡口醤油の最大の産地である兵庫県、溜醤油と白醤油両方の代表産地をもつ愛知県、小さな島に醤油蔵が軒を連ねる香川県小豆島などが、主要産地としてあげられます。

現代のように物流が発達していない頃は、全国各地に醤油蔵があり、それぞれ地元の醤油を使っていました。そのため、地域によって好まれる醤油に違いが見られます。関東より北の地域では、濃口醤油のみを使う家庭が多いのに対し、関西地方では淡口醤油を併用する家庭が多いことが知られています。また、四国西部と九州は甘い醤油を好む傾向にあり、九州のなかでも南に行くほど甘みが増すといいます。

大豆や小麦などの穀類を原料に発酵させた醤油に対して、魚介類を原料に発酵させた「魚醤」があります。醤油は穀類に含まれる植物性たんぱく質が、魚醤は魚に含まれる動物性たんぱく質が、それぞれ微生物により分解されてできた調味料。醤油に比べてアミノ酸が多く含まれ、旨みが強いのが特徴です。